南京市档案馆成立于1959年，是我市永久保管档案基地、爱国主义教育基地、查阅利用档案资料中心、政府公开信息查阅中心、电子文件管理中心“五位一体”的国家综合性档案馆。机构改革后，市档案馆独立设置，为市委直属事业单位，履行档案保管利用职能。

市档案馆新馆于2014年10月28日启用，建筑面积3.5万平方米，其中库房面积1.1万平方米。

截止2024年底，共有595个全宗，906099卷、2287174件纸质档案，总排架长度11656米。其中中华人民共和国成立前的历史档案共126个全宗，211718卷，1543528件（民国户籍口卡1250110件、民国户籍户卡293418件）。中华人民共和国成立后的档案469个全宗，694381卷、743646件。另有录音、录像档案883盘，照片档案74914张，缩微胶片140.56万幅，实物档案9815套。这些档案最早可上溯到十九纪二十年代。

《中山陵档案》《民国时期南京户籍卡档案》等4项列入中国档案文献遗产，联合申报的《南京大屠杀档案》被联合国教科文组织列入“世界记忆名录”。近几年先后承担国家重点档案保护项目《南京教育档案史料汇编》《南京云锦及丝织业档案调查与概况》等55本书籍编纂工作，联合拍摄的纪录片《一座工厂的抗日传奇》，在央视频道《国家记忆》栏目播出。积极参与市委庆祝改革开放40周年、新中国成立70周年展览工作，建成8个南京红色档案展示教育室。举办《南京长江大桥建成通车50周年档案史料展》《红旗插上总统府文物史料展》等。赴美举办《友城之约——庆祝南京与圣路易斯缔结友城40周年图片展》。开展“百年华诞•百件珍档——红色百年南京印记”全媒体行动，获得市2021年度社会主义核心价值观教育实践创新案例十大案例和优秀融合传播范例。“迎接二十大 红领巾永远跟党走”系列融媒行动——红色珍档南京“红领巾”诵读活动，入选中国记协首批“党的二十大报道融创精品”案例。